Ekotoxikologie je interdisciplinární předmět, který je s ohledem na specializaci absolventa zaměřen na toxikologické aspekty hygieny půd a odpadů, použití pesticidů, chemii přírodních látek a predikční toxikologii. Se základními experimentálními metodami jsou studenti seznamováni formou laboratorních cvičení. Základní metody biologického hodnocení jsou vybírány s ohledem na předpisy OECD.